História Detského domova v Trnave siaha ešte do 19.storočia. Toto zariadenie bolo v prevádzke od 6.septembra 1886 a slúžilo ako azyl pre opustené a osirotené deti. Najskôr pôsobilo ako „chlapčenský katolícky sirotinec“, neskôr ako detský domov, ktorý bol zriadený v historickej budove z druhej polovice 16.storočia na Halenárskej ulici v Trnave. Boli to priestory bývalého kláštora /veľké miestnosti s vysokými stropmi, studené chodby obložené mramorom/.
Od roku 1984 vedenie i zriaďovateľ detského domova uvažovali o premiestnení detí do vhodnejších priestorov. Následne začala výstavba nového detského domova, ktorý mal spĺňať všetky bezpečnostné, technické i odborné požiadavky pre výchovu detí v detskom domove. Ale hektické obdobie deväťdesiatych rokov výstavbu pozastavilo.
Preto sa v júli 1995 začala realizovať prestavba areálu Stanice mladých technikov /bývalá materská škôlka/ na Botanickej ulici, ktorá bola na jar 1996 ukončená a tým boli vytvorené vhodné podmienky pre starostlivosť o deti zverené do ústavnej starostlivosti.
Štyri výchovné skupiny sa v marci 1996 presťahovali do Detského domova na Botanickej 46. Kapacita zariadenia bola 48 detí v štyroch samostatných výchovných skupinách.
V roku 2007 bolo k Detskému domovu Trnava, Botanická 46 pričlenené ďalšie pracovisko na ulici K. Mahra, v ktorom boli vytvorené dve výchovné skupiny: samostatná výchovná skupina pre mladých dospelých a špecializovaná výchovná skupina pre deti ťažko zdravotne postihnuté. Toto pracovisko bolo v roku 2015 zrušené.